Основными целями деятельности учреждения являются:
- предупреждение заноса на территорию Республики Беларусь возбудителей заразных болезней животных;
- осуществление государственного ветеринарного контроля за соблюдением ветеринарно-санитарных требований при транзите, ввозе и вывозе животных, продуктов животного происхождения, а также кормов, кормовых добавок и иных подконтрольных государственному ветеринарному надзору грузов всеми видами транспорта и отправлений, включая ручную кладь;
- осуществление государственного ветеринарного контроля за проведением мероприятий, направленных на охрану территории Республики Беларусь от заноса и распространения заразных болезней животных и болезней, общих для человека и животных.